Efectivamente al haber custodia compartida, la reducción por minimo familiar se debe prorratear, te paso la explicación de la AEAT:
134651-minimo por descendientes: guardia y custodia compartida
Pregunta- Por convenio regulador aprobado en resolución judicial se establece que la guarda y custodia de los hijos comunes será compartida entre el contribuyente y su ex cónyuge ¿Cómo se aplica el mínimo por descendientes?
Respuesta- El mínimo por descendientes corresponderá a quién, según la sentencia de separación o el convenio regulador aprobado judicialmente, tenga atribuida la guarda y custodia de los hijos a la fecha de devengo del Impuesto, al tratarse del progenitor que convive con aquéllos, tanto en el periodo impositivo en que se dicte la resolución judicial como en los sucesivos. Procederá el prorrateo por partes iguales cuando la guarda y custodia sea compartida, con independencia de quién sea el progenitor con el que convivan a la fecha de devengo.
Por otro lado, existe la posibilidad de que uno de los progenitores presente declaración conjunta con el descenciente, en cuyo caso aparte de la reducción por minimo familiar al 50%, tendría reducción por declaración conjunta de 2150 euros.
134700-minimo contribuyente y descendiente:guardia y custodia compartida
RespuestaEl importe del mínimo del contribuyente será de 5.550 euros anuales.
Se aplicará la totalidad del mínimo por descendientes que corresponda al hijo si éste tiene rentas superiores a 1.800 euros, el otro progenitor no tendrá derecho al mínimo al presentar el hijo declaración. De no cumplirse el supuesto de tener rentas superiores a 1.800 euros, el mínimo por descendientes se distribuirá entre los padres por parte iguales, aún cuando uno de ellos tribute conjuntamente con los hijos.
Además al no existir convivencia entre los progenitores, se reducirá la base imponible en 2.150 euros anuales.