Puede un padre con custodia compartida negar que el hijo salude a su tía materna cuando está con el

¿Cómo no va a poder? Y no te recomiendo ir en contra de la patria potestad, ya que con esto irías en contra de la familia en general, no solo de la tuya; y sería muy grave injusticia.
Yo te recomendaría aceptar esto; y evitar, en la medida de lo posible, una situación que sea incómoda para la niña, ya sea evitando ciertas horas, o adelantándose de algún modo a la situación.
La niña ya podrá estar con la tía cuando esté contigo. Por supuesto que no comentar nada en contra del padre delante de la niña.
No cabe duda de que las separaciones tienen muchos inconvenientes; y este es solo es uno de los pequeños.
Al mismo tiempo, y como ya algo más encaminado al interior, ayudar a cada persona a tener la actitud más generosa posible con los demás, pensando en su bien de verdad y no dejándose llevar por intereses vanos o desordenados, viviéndolo en primer lugar uno con la gracia de Dios.

Ese tema es entre el padre y la niña por lo que si tu te sientes molesta por eso ese es tu problema y no el de ellos. Para ponerlo en claro: Mis hijos rechazaban todo lo que se les servía en la mesa de unos días hacia acá, mi esposa los lleva al médico porque estaban inapetentes para descubrir que era asunto del abuelo y ellos pues abuelo empezó con la costumbre de darle chucherías a mis hijos, a escondidas, justo antes de las comidas principales del día. Mi esposa los regañaba constantemente y a veces los castigaba por aceptarle las chucherías si ya tenían prohibido recibirlas. Enterado del asunto y los disgustos constantes de mi esposa llegue a un acuerdo con ellos de que nos entregaran las chucherías que les daba el abuelo y después de comer toda la comida las "consumiríamos como postrecito".

Mi esposa se negaba a creer que mis hijos, tan pequeños como estaban, pudieran sobreponerse a la tentación esas chucherías inmediatamente se los diera el abuelo, pero cumplieron el compromiso a a toda suerte. Llegado el caso que uno de ellos no quiso comerse toda la comida que se les sirvió entonces le dije que no tendría postrecito porque incumplió el acuerdo que teníamos y me responde "es que yo tengo dos estómagos: uno para la comida normal y otro para los postrecitos"