Mantener bien una piscina no es complicado en absoluto. Simplemente es una cuestión de metodología y de tener claros los parámetros que hay que controlar y como debe hacerse.
Te voy a dejar un enlace sobre el mantenimiento básico de una piscinacon lejía y agua fuerte.
http://www.hablemosdepiscinas.com/foro/viewtopic.php?f=9&t=431
Además de controlar el PH y el cloro libre, seria bueno que también controlaras la alcalinidad (100ppm), la dureza cálcica (300ppm) y, en su caso, el estabilizante denominado ácido isocianúrico (30ppm).
Donde va a parar, mucho mejor la depuradora de arena que la de cartucho "de juguete" que suelen traer estos tipos de piscina.
Si el color marrón es debido a barro/tierra igual la depuradora no sea suficiente e igual tengas que recurrir a un floculante para limpiar bien el agua. Si fuera por culpa del hierro ya tendríamos que hacer otro tipo de actuación.