En líneas generales, sí, es normal. Lo que no quiere decir que es deseable. No conozco en profundidad el tema de los pozos de agua, pero piensa que el agua, en su movimiento hacia el pozo, arrastra partículas finas que se depositan y tienes que extraer. Por supuesto, a mayor velocidad del agua, mayor arrastre de partículas finas. En obra civil se suele poner una membrana (geotextiles) para evitar o minimizar el movimiento de esas partículas, pero con el paso del tiempo se acaban tupiendo.
Respecto a tu última cuestión, no vas muy desencaminado. No es que se vaya a crear un hueco o caverna, pero está claro que esos lodos salen de algún sitio. Si no hay edificios cerca no debería haber mayor problema, más que un hundimiento del suelo en los alrededores. Si hay edificios cerca, y con los volúmenes de los que hablas seguro que aparecen grietas.
Evitarlo ahora es complicado. El geotextil debería haber sido instalado a priori. Supongo que ahora se podría instalar un filto para tratar de evitar el movimiento de las partículas pero no sabría decirte cómo. No sé cuáles son las condiciones del pozo ni las prácticas que se hacen en casos como éste, si es que se hace algo. Podría idear algo que funcionase, pero no sé si merecería la pena. Siento no poder ser de más ayuda.