En realidad es importante contactar con un buen profesional siempre ANTES de realizar una actividad. Si bien el autónomo no era imprescindible al iniciar la web, si todavía no sabías como se iba a desarrollar el proyecto, si lo era estar al menos dado de alta ejerciendo actividad económica por la creación y diseño de la misma, de esta forma podías tener rendimientos negativos de tu actividad, que serían compensados en el momento que pudieras percibir ingresos directos por actividad de la web, o simplemente, a través de la sociedad.
El IVA es muy formalista, y debías de haberte dado de alta con la opción de que los ingresos se producen posteriormente al alta, que es una de las tres opciones del modelo 036. Ahora no hay posibilidad de deducir el IVA porque en el momento en que hiciste la compra no eras empresaria.
También era muy conveniente haber revisado los estatutos sociales de la sociedad antes de constituirla, porque luego pueden haber problemas con los socios no contemplados que puede dar lugar a la parálisis de la sociedad. En muchas situaciones no es lo más recomendable incluir los estatutos estándar que facilitan los notarios, o un punto de conexión, que luego resultan no apropiados.
Respecto a tu pregunta, efectivamente existe una buena posibilidad de facturar a la sociedad el activo intangible creado por tu parte, como es la web, con repercusión del IVA correspondiente. La sociedad podrá amortizarlo en el plazo de 3 o 5 años, generando el correspondiente gasto deducible para la entidad. Como persona física, entiendo que podrás deducir los gastos generados para la obtención de este ingreso en la medida que tengas factura completa del mismo ejercicio, pues si es del ejercicio anterior, es un problema, porque conforme al art. 11.3 de la LIS podría ser deducible siempre que no produzca una tributación inferior y en IRPF es más complejo determinar esta cuestión.
La transferencia del dinero y ponerlo como gasto NO ES UNA OPCION, técnicamente es una barbaridad penalizada en el Art. 15 e) del IS, por donativo y liberalidad, e incluso por el art. 15 a) como retribución de fondos propios.
Recuerda, que es muy importante en tu andadura profesional contar con un profesional que te asesore ante cualquier inquietud tuya, lo importante es que sea siempre ANTES, los economistas preferimos EVITAR los problemas antes que SURJAN, mientras que a los abogados les encantan solucionar los problemas cuando ya se han producido.