Entiendo que se trata de una actividad profesional y que usted factura a la sociedad por sus servicios que coinciden con el mismo objeto.
Le voy a poner un ejemplo:
Yo soy economista, y tengo también una sociedad que se dedica al asesoramiento económico.
La sociedad factura a un cliente que yo asesoro el importe de 100 Euros más IVA. Por otra parte, como yo trabajo para mi asesoría, A la sociedad le cobro el 75% de lo que ha facturado la sociedad.
Pues, yo le haría una factura a mi sociedad por el importe de 75 más IVA, menos la retención correspondiente.
En la actualidad el tema del IVA es sumamente complejo, porque no tiene exactamente las mismas normas que en IRPF, dado que aquí se ha aclarado mucho el tema en la ley 26/2014 de modificación del IRPF, y esto está claramente definido en el art. 27.1, indicado que lo que se percibe es por actividad económica.
Respecto al IVA hay incluso Informe de la AEAT, en base a diversas sentencias del Tribunal de Justicia Europeo, que vienen a definir un poco la teoría del vínculo y su relación con el IVA en materia de dependencia y ajenidad.
Con todo esto en la mano, si usted no esté sujeta a un horario en su propia empresa, ni tampoco a un nivel de organización de los trabajos, y por otro lado incluso tiene posibilidad de facturar a otras empresas distintas, porque hace trabajos fuera de su propia empresa, en mi opinión su facturación a la empresa debería de estar sujeta a IVA, tal y como le he indicado en mi ejemplo.
Espero que esta información le sea de utilidad. Ruego valore respuesta.