En relación a tu consulta, te hago los siguientes comentarios:
a) Seria correcto averiguar dónde te has equivocado. De esta forma sería lo siguiente:
1) Si se trata de que has puesto algún iva repercutido superior al real, realizaría la correspondiente factura rectificativa en el trimestre siguiente.
2) Si se trata de algún error en el iva, igualmente me plantearía la inclusión de una factura rectificativa anulando el apunte anterior y hacer el correcto en el trimestre siguiente.
3) Solicitar una rectificación de la factura y devolución de ese importe de 40,00 Euros, me parece excesivo, no creo que sea la solución adecuada.
4) Si realmente quieres "tirar" a gasto, realmente la 113 que te han apuntado sólo es para el caso de ejercicios anteriores, y siempre que de acuerdo al principio de importancia relativa fuera realmente necesario, creo que no estás en ningun caso en esa opción, y sería factible, tirarlo contra la 678 de gastos excepcionales, ahora bien, de conformidad con el art. 15.e) Del IS, esto sería una liberalidad no deducible, dado que realmente es porque te apetece regalarle a Hacienda este importe, sin realmente puedes analizar que se pueda modificar de forma correcta.
Ahora bien, estoy de acuerdo con vosotros, yo no haría una rectificación por 40 Euros, "ni loco", pero analizaría el error para ver de que forma puedo corregirlo en el trimestre siguiente, ten en cuenta que por ejemplo, cuando en una declaración se nos olvida añadir una factura de IVA soportado, no se permite rectificar posteriormente, la misma, dado que tienes cuatro años para poder deducirla. Si es un error numérico detecta de dónde viene y ajusta con contra-asiento y asiento correcto en el mes en que te das cuenta.
Ruego valore respuesta.