Seguramente tienes la bomba del aire acondicionado clavada, al activar el aire acondicionado, activas un embrague que hay para que actue la bomba con la correa auxiliar, que tambien mueve el alternador.
Al activar el embrague la polea que mueve la bomba del aire acondicinado se clava, clavando la correa auxiliar que hace girar el alternador. Por eso da fallo de carga de bateria.
Tienes que arrancar el motor, levantar el capo, y con 2 personas mirar como gira la correa auxiliar (la que mueve la bomba del agua, el alternador, la bomba del aire acondicinado y a veces el ventilador.) Mientras uno mira, el otro dentro activa el aire acondicinado, si el de fuera observa como se clava la correa, y al patinar las poleas huele a quemado se confirmara mi teoria.
Si es asi, te toca cambiar la bomba del aire acondicionado, o hacerle mantenimiento (desclavarla, rectificar y engrase) si no esta muy mal.