Debo devolver los salarios por una incapacidad permanente?

He estado de baja por enfermedad común durante 6 meses. Como mi enfermedad es degenerativa decidí solicitar la incapacidad. Me han concedido una incapacidad permanente total con fecha retroactiva de mes y medio antes a la fecha de comunicación. La seguridad social no me paga ese mes y medio de atraso, pero mi empresa me ha dicho que del finiquito me quitan los dos últimos meses de salario que me han pagado, . Mi duda es si pueden hacer esto, por un lado entiendo que de quitarme algo sería mes y medio y no dos meses. Pero entonces, ¿ese mes y medio entre la fecha de concesión y la de comunicación no lo cobraré?. La pensión es inferior al salario. Espero que alguien pueda darme alguna información porque estoy desconcertada.