Por un lado, me imagino que nadie te puede negar que comiences otro máster, aunque sea de una materia similar en otra universidad; en este sentido tendrías que ver las ofertas en universidades cercanas, e intentar inscribirte (con lo que se produciría el traslado de expediente, al solicitarlo); del anterior máster siempre te quedaría la experiencia.
Recuerdo cuando salió esta norma, y siempre me pareció muy mala; no sé si alegaban motivos económicos, pero no veo que esto repercuta gravemente en ello.
Yo creo que podrías recurrir vía administrativa, pero pensando en llegar a la vía judicial; en la misma secretaría de la universidad en donde te han dicho que no podías hacer la solicitud, solicita hablar con el encargado; al depender esto de una norma, ya no depende de la decisión de las personas, así es que seguramente renovará la negativa, aunque te puede informar de los pasos a dar; o bien dirígete al rector de la Universidad por escrito contándole detalladamente lo sucedido, con los inconvenientes que has tenido, el desconocimiento de dicha norma reciente, etc., solicitando ser admitida a continuar; y si ves que la negativa afecta a algún derecho fundamental (habría que estudiarlo con calma) empieza ya a invocarlo (pensando ya en posteriormente llegar a la vía judicial); por supuesto que siempre registra este tipo de escritos (lleva una copia para que te la sellen; o envíalo mediante carta certificada, solicitando también que te sellen en Correos la copia de la primera hoja, que mejor, en este caso, que ya contenga todo, o lo más importante).
Por supuesto que para optar al grado de doctor, no es necesario hacer un máster (a no ser que te sirvan algunos de esos créditos); también podrías intentar inscribir el comienzo de una tesis doctoral directamente, me imagino; si no cumples los requisitos, siempre tendrás forma de llevarlos a cabo, me imagino.
En definitiva, no te obsesiones ni con el máster, ni con la tesis doctoral, ya que todo esto implica un importante esfuerzo, y desde luego que no es la única forma de adquirir conocimiento; claro que todo depende de para qué quieras todo esto. Te dejo esto para tu consideración.