Seat león

Me temo que ese problema no está relacionado con el cambio de llantas. En versiones más modernas si que hay que codificar la unidad de mando del ABS con el tamaño de rueda para funciones relacionadas con el control de presión de los neumáticos pero en tu coche eso no es relevante.
La electrónica del motor no detecta el tamaño de las ruedas, ni le afecta para temas de contaminación (no para detectar avería). Tiene que haber otra razón.
Lo suyo es conectarle un lector de averías y ver que tiene memorizado.