Distancia del vecino a respetar en una finca rustica

Esa distancia de 6 metros debe venir reflejada en alguna normativa municipal o autonómica, ya que la normativa estatal sí le permitiría construir dejando la distancia de 3 metros. Debe comprobar cual es la norma que establece esa distancia, si es aplicable a su caso, y cuando entró en vigor ya que si fue posteriormente a la construcción no se le aplicará.
Si llegan a juicio le convendría tener la documentación (por escrito) que acredite los requerimientos y pretensiones de su vecino, y la indemnización por daños la establecerá el juez (quedándose cada uno con su terreno, pero puede implicar que deba tirar la construcción si esta es ilegal) y a su vecino le indemnizará por los daños y perjuicios que le suponga su construcción o le ordenará a usted retirarla, pero no le obligará a comprarle el terreno a el.
Sobre la compra del terreno, el precio lo acuerdan las partes implicadas.

Las distancias a vecinos las establece cada municipio. Así que es allí donde debes informarte, en tu ayuntamiento, que te informará sobre las distancias que deberían dejarse.
En cuanto a la valoración, el vecino puede hacer la que quiera. En caso de llegar a juicio será el juez el que, con ayuda de un tasador, valorará el terreno. Pero lo más probable no es que te obliguen a comprar el terreno vecino sino que iría más bien encaminado a derribar la construcción que no cumple con la normativa. Quiero decir que si la construcción es ilegal no habrá resultado en el juicio a favor de comprar el terreno vecino sino a restablecer la legalidad de aquella.

Para informarse de la normativa debe acudir a su ayuntamiento, donde podrá consultar las distancias a linderos, así como informarse sobre la posibilidad de legalizar la construcción que realizó en su momento.
Si una vez comprobado lo anterior, efectivamente no cumpliera la distancia a la finca vecina, y le interesa más comprar ese terreno que demoler lo construido y volver a edificarlo, deberá ponerse de acuerdo con el vendedor.
Usted puede pedir una tasación del terreno para tratar de demostrarle que su precio es muy superior a lo que dicta el mercado, pero él está en su derecho de pedirle lo que considere oportuno.
Si llegaran a juicio sería siempre porque usted no ha cumplido la normativa, por lo que el juez seguramente dictaminaría la demolición, pero en ningún caso puede obligarle a comprar ese terreno, sea cual sea su precio.

El tema de construcción de edificaciones en terreno rústico es algo complejo ya que suele estar "restringido" al ámbito agrícola, ganedro o similar, poniendo condiciones más estrictas para el resto de edificaciones, es decir a base de imponer mucha superficie de parcela.
Todo estos parámetros vienen recogidos en el PGOU de tu localidad, sólo tendrías que buscar la normativa de edificaciones en suelos rústicos y ver tu grado de cumplimiento, no sólo el tema de la separación a linderos, si no p.e. si cumples con la parcela mínima, si el suelo no es de especial protección, si cumples ocupación, altura, etc.
Te digo esto porque es posible que puedas tener más de un incumplimiento, pero todo dependerá de cuando entrara en vigor el PGOU de tu ayto y de si tu merendero es anterior a él.
Si fuera anterior debería estar conforme a la normativa en vigor en aquel momento.
Ahora bien, tu vecino no puede obligarte a que le compres el terreno, podemos estar de acuerdo en que pida algo desorbitado, pero no por ello es posible que no estuvieras "legal" del todo. No existe una norma especial que diga que p.e. alguien pide mucho o poco por una propiedad, a no ser que fuera una expropiación forsoza, en que la entidad expropiante fija un justiprecio, pero en el caso de particulares, sólo tenemos la ley de la oferta-demanda, así que si te pide mucho tienes 2 opciones, comprar o no, pero no por que te pida más vas a terminar en un juicio.
Es más te puede llevar a ti a juicio si la edificación no estuviera legal o no fuera legalizable, pero esto lo haría tu ayuntamiento.
En principio para no agobiarte consulta los parámetros urbanísticos de tu zona y ya después se buscan soluciones. Puedes consultar a algún técnico de la zona que te pueda asesosar de la posibilidad de legalizar o pedir alguna prescripción urbanística si fuera posible, pero estos son trámites que se deben realizar en tu propio ayto.
Saludos, espero haberte aclarado algo tus dudas, si tienes alguna más quedo a tu disposición.