No se que tipo de láminas de plástico quieren poner, pero el plástico no resiste. Si te han salido fisuras ha sido porque no se ha compactado bien el terreno que hay por encima de las tuberías, contando con que los tubos estén a la profundidad adecuada. La única solución a eso es que se compacte el terreno bien, pero teniendo en cuenta que si las tuberías están muy poco profundas (20-30 cms), puedes romperlas. Si eso fuese así, solución no tiene. De hecho, te volverán a salir esas fisuras en el nuevo pavimento.
La instalación de sumideros en un garaje se suele hacer cuando te instalan un grifo en él. Si no, no hace falta. También se coloca una rejilla sumidero a la entrada del garaje por la puerta de entrada del vehículo, cuando es un semisótano o sótano, para que el agua de lluvia que discurra por la rampa desagüe por dicha rejilla.
Si no te cuesta mucho, yo colocaría un sumidero dentro del garaje ya que, de esta manera, podrás lavar tu coche, tu moto, o lo que quieras, dentro. Con uno deberías tener suficiente. Si lo instalas, los que te hagan el pavimento deberán hacerlo con pendientes hacia el sumidero.
No te preocupes por los olores. Coloca un sumidero sifónico y así cortara los olores. Tienes que tener en cuenta que siempre tenga agua en ella. Cuando se evapore ésta (te darás cuenta porque empieza a entrar olor), nada más que le eches un poco de agua para que se vuelva a llenar.
Otra cosa que debes prestar atención es si las arquetas que tienes son registrables (tienen tapa que puedas levantar) deberás recrecerlas para que puedan seguir siendo registrables. No se te ocurra no recrecerlas porque el día que tengas un atranque, tendrás que romper el pavimento nuevo.
Lo del aseo es algo mas complicado. Eso es mejor que lo hables con un fontanero y que él te aconseje. Haz el aseo antes de echar el pavimento. Lo que se me ocurre sería subir el suelo del aseo con un empalomado y debajo de éste, poder hacer las conexiones de los desagües del aseo entero. Pero de todas maneras, que el fontanero te confirme si puede acceder bien al saneamiento que tienes instalado y así te ahorras tener que subir el suelo.