Prueba chi cuadrado

Necesito ayuda acerca de la prueba de chi cuadrado; hemos realizado laboratorios de Genética de conteo de drosophila, analizando ciertas mutaciones.
Realizamos conteo de moscas mutadas con ebony, y ojos café, por lo que obtuvimos 4 diferentes observaciones y combinaciones, entonces se usan 3 grados de libertad (n-1) con confianza del 95% para lo que la tabla muestra que para aceptarse la hipótesis, debe ser el resultado de la chi inferior a 7.82.
El resultado que obtuvimos fue catastrófico, ya que fue de 95.05; así mismo en otra prueba fue de 28.45.
¿Qué errores pueden ser los causantes de esa discordancia? '?
Cabe resaltar que el cruce se conocia; por ejemplo en el caso 1 (que dio 95.05) eran hembra silvestre por macho mutado para ambas caracteristicas; se contaron 331 moscas (genes autosomicos), por lo que los resultados esperados eran de:
186 silvestres: ojos rojos, cuerpo miel
62+62 : ojos rojos, cuerpo oscuro + ojos café cuerpo miel
21 : ojos café cuerpo oscuro.
Relacion 9:3:3:1 .. Me equivoco?
¿Qué errores se pueden sustentar para que no haya dado la prueba ni siquiera menor?