Transcripción

Preguntarse un por qué en biología es algo complicado, en general las cosas son como son porque han pasado por un proceso evolutivo de selección natural que las ha llevado a ser como son.
El mecanismo de procesamiento en el extremo 3' del RNA involucra dos procesos, uno de corte del RNA que se esta transcribiendo y otro en el que se poliadenila. Los factores específicamente no son los mismos, el corte se produce por dos endonucleasas, CFI y CFII, mientras que la poliadenliación se produce por otra protreina denominada PAP (polimerasa poliA).
Ahora tratando de conjeturar el por qué se da esto, yo lo asociaría a un propiedad que le entrega esta cadena de poliadenlición que es otorgar estabilidad al RNA que se esta formando. Si el corte, es decir el termino de la transcripción se hiciera antes que la poliadenilación el RNA se degradaría. Es probable que el sistema haya evolucionado para que ocurran estas dos cosas en forma simultanea para evitar esta degradación.
Espero te sirva la respuesta, si tienes dudas no dudes en consultar.