Factura nueva

No eso no es correcto; llama al cliente si ya se la has entregado y ponle el numero correspondiente.
Una vez hecho deberías tener tres facturas correspondientes al mismo concepto.
La factura de Junio, una igual de abono, que anule la de Junio y la nueva con el importe corregido. Cada una tendrá su número correspondiente a la serie que lleves.

Lo correcto sería hacer un abono por el importe de la factura anterior (en negativo) y una nueva con la numeración actual y con el importe correcto.
Otra opción es que el cargo y el abono lo hagas en la misma factura por lo que el resultado sería la diferencia entre las mismas.
Otra opción un poco más chapucera pero que también puede servir, es que hagas y una factura con el número antiguo y la sustituyas. Al hacer el IVA de este trimestre, sin tocar el registro de IVA, cammbias el importe de la declaración para compensar el error anterior. Al final, en el resumen anual te cuadrará todo.
Espero que te sirva de ayuda. Si necesitas algo más, házmelo saber.

Una factura se puede anular pero no duplicar, es decir, no se puede hacer otra factura con el mismo numero.
Creo que el procedimiento correcto, más conveniente, es mediante una nota de contabilidad hacer la corrección pertinente, debitando y acreditando lo que corresponda; en esa nota deberá especificar la razón del hecho, el numero de factura y el valor a corregir.
Este es el procedimiento que utiizamos en Colombia para estos casos, supongo que es universal.
Siempre hay lugar para hacer correcciones no importa en que periodo se cometió el error, lo importante es que quede clara la corrección

Siento haber tardado un poco en contestar pero he estado fuera. Aunque sea fuera del plazo que pedías voy a responder tu pregunta. La cuestión de si puedes anular la factura para que conste en negativo en la 477 es correcta, puedes hacer una factura de abono para que conste en negativo como dices. Pero la nueva que quieres hacer no puede tener el mismo número que la anterior si es de otra fecha (como debería ser puesto que los números de factura son correlativos). No entiendo muy bien que te pidan rectificar la factura pero ponerle el mismo número, aunque de todas formas, no debe preocuparte en exceso la liquidación del iva puesto que todas son provisionales excepto la del último trimestre, que como ya sabrás se presenta el 30 de enero del próximo 2004 y acompaña un modelo 390 que corresponde a la liquidación final. Si necesitas cualquier otra información sobre este mismo tema o aclararme algo que no haya podido interpretar bien de tu pregunta, no dudes en consultarme de nuevo. Espero haberte podido ayudar y gracias por confiar en mi respuesta

Estimado/a amigo/a,
En respuesta a su pregunta debe realizar un abono de la factura, el procedimiento es en lugar de indicar nº fra. debe poner nº abono que debe ser el número siguiente a la última factura emitida por usted, expresar los importes de la factura incorrecta en negativo de tal forma y tal y como le han indicado serán partidas con signo negativo. Finalmente deberá realizar la factura correcta. Todo esto en este trimestre sin tocar la liquidación anterior para que no descuadre.
Espero haberle ayudado. Hasta pronto.

No se puede anular. Lo tienes que hacer es una factura abonando la anterior (con un numero factura de ahora) y luego hacer la nueva factura bien. Es decir hay anular la que esta mal con un abono, por que ya la tienes en otro trimestre que ya declaraste.