Después de flashear la bios, yo recomiendo formatear ya que en algunas ocasiones algunos parámetros de la misma BIOS pueden verse modificados y por lo mismo afectar el funcionamiento del sistema y si es común obtener pantallazos azules, esto pasa también cuando se cambia una placa madre y solo se pone un disco duro con sistema ya instalado, si, se puede hacer si se usa el mismo procesador pero igual da algo de problemas, siempre que se hace un cambio así como en tu caso de Flaseo de BIOS es una buena idea formatear para que al instalar el sistema, se reconozcan nuevos valores de BIOS y configuraciones, y depende de que capacidad tengas en tu disco duro, si tienes buen espacio yo recomendaría un buen Linux o alguna de sus distribuciones como lo es Ubuntu pero también instalar Windows, es lo que tengo en mi PC personal pero la diferencia es que yo tengo discos duros, uno para cada sistema.
¿Por qué dos sistemas?, Windows es el sistema casi universal, en la mayoría de trabajos, escuelas etc, manejan windows y no es malo pero si tiene sus complicaciones, en cambio ubuntu (es el que yo uso) tiene ventajas en cuanto a rendimiento pero aveces hay problemas de compatibilidad ya sea cuando te envían un archivo o quieres usar un programa etc, esto luego causa conflictos, si que hay opciones como el open office pero no es lo mismo, así que para ahorrar problemas recomiendo Linux mas una instalación básica de windows (solo con lo básico) y esto siempre particionando el disco, nunca encimando instalaciones.
Ese es el caso de tener buen espacio, si no lo tienes, hay que saber que es lo que quieres, si deseas un mejor rendimiento pues Linux es tu opción pero ya tendrás que ir buscando opciones con el tema de la compatibilidad con programas y archivos, para esto hay emuladores como el WINE con el que puedes correr algunos programas de windows en linux, pero si en cambio te interesa tener la compatibilidad de siempre instala windows menor rendimiento pero eso si todo lo podrás usar normalmente esto muchos lo hacen por el tema de los videojuegos ya que no hay mucho para Linux.
Esas son las recomendaciones que te puedo dar, cualquier duda házmela llegar.