¿Cómo contabilizo los gastos bancarios qu se refleja en el extracto de los pagarés?

Lo que comentas tiene el mismo tratamiento que los efectos comerciales en gestión de cobro. Llevas los pagarés al banco y el día de su vencimiento ellos los ingresan en cuenta, o bien los lleváis a ingresar en la fecha del cobro. Y por esto pues te cobran unas comisiones, por tratarse de pagarés de otras entidades. Por tanto, los gastos que te cobra el banco irían directamente a una cuenta de gastos bancarios (626). En el caso de los efectos comerciales en gestión de cobro estos gastos llevan IVA, pero en principio esto debería aparecer detallado en la información que os manda el banco. Si ves que hay IVA soportado contabilízalo para poder deducírtelo y sino pues directamente a la cuenta (626). Y por lo que dices, no importa que todos vengan incluidos en una sola partida, no te preocupes en saber cuánto corresponde a cada pagaré a no ser que lo hagas por llevar un control sobre lo que os está cobrando el banco.
Aparte de esto, te diré que según sea tu relación con el banco todo este tipo de comisiones es susceptible de negociación. Normalmente para grandes volúmenes de transacciones suelen retroceder todo este tipo de comisión.