Pago del autónomo por la sociedad

Antes que nada agradecer como siempre la opinión de los expertos.

Tengo una pequeña empresa (soy yo solo por el momento) y hasta hace unos años la empresa pagaba el autónomo y algunas cosas más como el seguro de vida, de salud, etc. Hace un tiempo mi gestor me aconsejó que eso lo debería pagar yo, por lo que aumenté mi nómina (y por tanto las retenciones) para poder cubrir personalmente esos gastos.

En la empresa de mi mujer (una empresa familiar pequeña) el autónomo de mi cuñado lo paga la empresa desde siempre y su gestor no ve problemas en ello.

La cuestión es si que la empresa pague el autónomo del administrador único puede suponer un problema y por vuestro conocimiento, ¿cuántas empresas lo suelen hacer?