Facturas emitidas

En construcción a esta factura se le llama certificación. Consiste en que la propiedad y los técnicos la firmen. Y tratándose de fin de obra suele demorarse por motivos de discrepancia en minucias ajenas a la labor realizada por la constructoa, que a su vez tiene que asumir la carga social de los empleados.
Apostillado esto, pasamos a tu pregunta eminentemente fiscal.
La Ley del IVA vigente no admite de ningún modo la pretensión de tu jefe.
Otra cosa es que transcurridos dos años de no cobrar un IVA devengado (y que lo puedas demostrar) te lo deduzcas en los siguientes dos meses.
Pero el principio de devengo está ahí. El IVA se repercute en la decha de emisión de la factura, no cuando ésta se cobra.
Con estro creo contestar sobradamente y claro a tu pregunta concreta, no obstante piensa en la observación que hice al principio con respecto a la facturación de las constructoras.
Entiendo que por una parte tu jefe se vea acosado, puesto que no dirimen el pago si no hay factura, y por otra no hay pago mientras no haya visto bueno a lo especificado en la factura.
La verdad que tiene "Mala-leche". Personalmente lo he vivido, y por ello me expreso así. La verdad que optamos siempre por emitir la factura o certificación y declarar el IVA. Si después, y era lo habitual, había que minorar los importes pues emitíamos un abono con deducción directa en las cuotas repercutidas. Ahora se denomina factura rectificativa (Pero dentro de la reconocida chapuza de esta Ley, al final quedó en lo mismo: Un abono).
En definitiva que no. La respuesta a tu pregunta es negativa, y por tanto no, no hay solución legal alternativa.
Hacer la factura y declarar el IVA repercutido en su tiempo de devengo (emisión de la factura) si después no la cobra en su totalidad o en parte, emitir un abono (rectificativa expresando el motivo) y deducir ese IVA que habéis ingresado y no cobrado.
Piensa que la Agencia Tributaria, en su objetivo de recaudar no contempla quedarse con algo que no le pertenezca.
Está tan informatizado que su frialdad hace inviable cualquier saldo a su favor no merecido, pero eso sí, no cometas ningún error que le de la coartada suficiente para asimilar tu pérdida de forma lóigica
En caso de Inspección, si alegara que ese IVA le pertenece, te estará acusando de fraude y por tanto, según la Ley deberá demostrarlo, y en tu caso lo tendría muy difícil.
En resumen que no hay modo de evitar emitir la factura sin devengar el IVA correspondiente y declararlo según la fecha, cobrado o no. Parece injusto pero es así.
Posteriormente, al no cobrarlo te lo deduces y debes ser tú quien demuestre que no lo has cobrado ante un requerimiento de Hacienda, pero si ésta no considera válidas tus alegaciones o pruebas, te estará acusando de fraude y entonces será la Administración quien deberá probar que has cobrado ese IVA, y para empezar las facturas que dieron lugar al servicio prestado objeto del impuesto.
Te puedo decir que las inspecciones se dan por indicios de fraude o desproporciones patentes en las declaraciones, de ninguna manera por deducirse un IVA que con todo derecho lo haces al no haberlo cobrado. Las Inspecciones también se dan al azhar cuando no hay preferencia por indicios o desproporción.
Y en ese caso, te puede tocar como la Lotería, siendo en ese momento y en los cinco años anteriores muy correcto o te descubren suficiente para sancionarte. Aunque en este caso siempre existe una persona por encima del inspector que calibra debidamente la proporción de tu falta y te aplica el correctivo adecuado sin desproporciones.
Ningún delegado desea perjudicar e incluso llevar a cerrar una pequeña o mediana empresa con empleados en la calle incluidos por aplicarla una sanción desmesurada. De hecho no verás casos de este tipo en medios de comunicación.