La empresa me paga los gastos de transporte ¿Tiene qué restarme el iva de ese gasto? ¿Y qué iva?

Hasta ahora he estado colaborando con una empresa como formador para sus equipos de ventas. Me daban un fijo cada mes, me enviaban una factura de esa cantidad fija. Me dijeron que los gastos de transporte me los pagarían, al final de cada mes les enviaba los gastos y me los añadían al fijo. Lo que hacían era lo siguiente, si tenía unos gastos de 335,80 euros, de esa cantidad me pagaban 277,50, se deducían el 21% de iva.

Y mi pregunta es ¿eso es correcto?¿pueden restar un iva y no abonarme la cantidad íntegra del gasto de transporte? Y si lo pueden hacer ¿es realmente un 21% de iva?

Gracias