Rectificación % de iva

Hola, llevo la contabilidad de una cooperativa agraria y nuestros socios nos venden productos agrarios pero unos tributan en el régimen especial agrario del iva al 9% y otros en el régimen general del iva al 4%. Resulta que un socio nos indicó que estaba en 4% de iva y así se hicieron las facturas durante el año 2006 pero ahora nos justifica que no que estaba en el 9% y que quiere cambiarlo y arreglarlo antes de hacer su declaración de IRPF. Primero la coop.no tiene la culpa y segundo no sé si se puede hacer la modificación ya en el 2007 aunque sea del año anterior pues mi ejercicio contable se cierra en mayo, es decir, hacer ahora en 2007 una factura correcta al 9% y un abono de la fra del 4% del año anterior ¿se puede o tengo que hacer rectificaciones en mod.300, 390 y 110 del año 2006? Gracias