Gastos de gasolina 50% deducibles

Contablemente lo puedes hacer como creas oportuno. Tal como dices estaría bien porque al final los saldos te quedarían bien. El problema que veo es que estés utilizando algún programa de contabilidad y con ese asiento no te controlaría el IVA correctamente.
Si utilizas algún programa que te controle el IVA tendrás que contabilizar la factura con dos bases imponibles al 50%, una con el IVA al 18% y la otra con el IVA al 0%.