Saldar cuentas contables

Las cuentas de balance no tienen porqué saldarse a cero.
Respecto de las que mencionas, la cuenta 544, que debería ser préstamos al personal, se salda cuando el empleado a quien se ha concedido el préstamo lo devuelve a la empresa. Si no lo hace, la cuenta no se salda sin más. No obstante, tendrías que analizar si, en ese caso, al no devolverlo se puede tratar como una remuneración en especie y, por lo tanto habría que reconocer un gasto.
La cuenta 555, partidas pendientes de aplicación, suele ser un problema. Se suele utilizar para meter aquellos movimientos de banco que no se sabe exactamente qué son. Y el problema es que si en su momento no se pudo averiguar qué era, difícilmente lo vas a poder hacer semanas, meses o años después. El saldo lo deberías regularizar contra alguna cuenta de gasto o ingreso según sea. Como el posible gasto no tendría soporte documental alguno, puedes tener problemas en caso de inspección. Mi consejo es que la saldes y no la uses nunca.
La cuenta 260, fianzas a largo plazo, no tiene porque saldarse. Lo que sí es cierto es que debes saber a qué corresponde el saldo (de qué se compone) ya que puede haber partidas muy antiguas o que correspondan a contratos finalizados hace tiempo de los cuales no se recuperó el importe de la fianza.
Con la cuenta 460, anticipo de remuneraciones, el problema es similar al de la cuenta 544. El empleado debe devolver el anticipo, aunque en este caso, también puede ser la empresa quien se lo descuente de la nómina (depende de en qué términos se haya concedido el anticipo).