Poner coche a mi nombre

No sé que tipo de empresa creaste (SL, SA. S. Coop, C.B., etc.), puede que esto variara mi respuesta . Efectivamente, tal como te dicen en tráfico, la empresa tiene que hacer una factura por la venta del vehículo, con su IVA correspondiente y todo. El tipo aplicable es el 18%.
Y eso de que la factura sea ficticia no sé a qué se refieren en tráfico, pero de ficticia nada. Tiene que ser totalmente legal, porque de lo contrario el vehículo seguiría constando en la contabilidad de la empresa y perteneciendo a ella, aunque se hubiera hecho la transmisión en tráfico. Es más ... podría considerarse una infracción, porque se ha transmitido el bien y sin embargo no se ha declarado a Hacienda, si no se hace la factura.
A tu hermana, a efectos fiscales no le repercute, pero a la empresa si, que tendrá que declarar el IVA de esa venta, y en su caso, si la venta se hace por más valor que tiene el vehículo en los libros de contabilidad, también habría que pagar beneficios.
Con esa factura, entonces se va a tráfico y se hace la transmisión del vehículo.

Hola de nuevo: La empresa era una sociedad civil. Pero no entiendo que a la empresa tenga que declarar el iva si la empresa está cerrada hace ya cinco años, es decir, no existe.

Aha ... y entonces ¿cómo liquidasteis la sociedad?. Porque al liquidar la sociedad hay que distribuir los activos restantes entre los socios. Entre ellos el coche. ¿En la liquidación quién acordó quedarse con el vehículo?.
Con el documento de liquidación y disolución donde se especifique que tu hermana se quedaba con el vehículo como parte de la liquidación de la sociedad, haría las veces de la factura, pero claro ... este documento tiene que ser legal.
Cuando se dio de baja la sociedad se haría con su correspondiente documentación, en la que se indicaría como se liquidaba y la distribución que se hacía entre los asociados. ¿NO?