IVA en la compra de coche

Necesitaría algunos datos más, en que régimen estás tributando, es una Sociedad Limitada u otra clase de sociedad como dices que lo compraste a nombre de la empresa. ¿Del vehículo anterior te hicieron factura a nombre de la empresa? Que clase de vehículo nuevo vas a comprar. ¿Qué vehículo es el antiguo? ¿Declaraste algo de ese vehículo en tu declaración de la renta como retribución en especie?

Efectivamente se trata de una sociedad Limitada y el régimen es el general.
El vehículo es un turismo normal, tanto el que vendo como el que quiero comprar. No sé si hicieron factura o por lo menos no los la dieron. Incluso no lo incluí en la declaración de operaciones de más de 500.000 Pta (347). Tampoco lo declaré como retribución en especie ya que de la empresa no salió dinero para pagar el coche sino de mi bolsillo particular, ya digo que lo de ponerlo a nombre de la empresa fue simplemente para conseguir mejor precio. Unos meses antes compramos también otro coche, éste sí que aparece en la contabilidad de la empresa ya que fue finaciado por Leasing y fue pagado por la empresa ya que se usa profesionalmente, no como el de la consulta que nos ocupa, que es de uso particular.
Espero haberme explicado mejor.
Muchas gracias.

Para poder deducir el IVA soportado deben darse los siguientes requisitos simultáneamente:
a) Las cuotas soportadas deben tener la consideración legal de deducibles.
b) La deducción sólo puede efectuarla quien reúna una serie de requisitos subjetivos
c) Los bienes o servicios por cuya adquisición o importación se ha soportado o satisfecho el IVA DEBEN UTILIZARSE EN LA ACTIVIDAD EMPRESARIAL O PROFESIONAL.
d) Las cuotas no deben figurar entre las exclusiones y restricciones del derecho a deducir establecidas en la Ley
e) El sujeto pasivo que ejercita el derecho a la deducción debe estar en posesión de los justificantes necesarios para efectuar dicha deducción ( EJ factura)
f) Los bienes y servicios han de emplearse en actividades cuya realización genera el derecho a deducción de las cuotas del IVA soportado.
Por ello si la compra del vehículo es para uso particular exclusivamente, el IVA no admite la deducción ni siquiera parcial ya que hay que tener la condición de empresario o profesional es decir lo deducen las empresas o los profesionales que estén tributando por algunos de los regímenes, ej;: estimación directa, simplificada, objetiva, las sociedades limitadas con el IS.
Podría deducirlo tu empresa y para ello tendría que afectarlo a la actividad y registrarlo en la contabilidad, y si te cediera el uso del vehículo para uso particular tendrías que declararlo como retribución en especie. Por lo tanto salvo que estés dado de alta de autónomo y en puesto de comercial que habría que demostrar en ppio no puedes deducir el Iva, ni está admitida la presunción de la afectación al 50% en el caso que nos ocupa.
En cuanto a hacerle factura a la empresa por la venta del nuevo vehículo al no ser empresario o profesional no se puede emitir la factura.

Ante todo, darte las gracias por tu interés y por el detalle de tus respuestas, pero creo que no me he explicado bien.
Yo soy el Administrador de la empresa, que es una SL. Y por tanto estoy en el régimen de Autónomos.
Del coche sobre el que hago la pregunta es del que compré hace tres años, que lo pagué de mi dinero y no lo incluí en la contabilidad aunque esté matriculado a nombre de la empresa ya que me hacían mejor precio.
Lo que quiero saber es si por estar el vehículo a nombre de la empresa, si tengo obligación de hacer factura, sobre todo en el caso de que el nuevo comprador sea también una empresa y quiera deducirse el IVA.
Gracias por tu tiempo.