Registro de libros contables

Hola! Tengo una duda un tanto urgente, en abril, lleve al registro los libros contables de una empresa, los cuales fueron registrados dentro del plazo legal sin ningún tipo de problemas. Ahora, al hacer el impuesto de sociedades, detecté un error, una serie de gastos no fueron introducidos, y el importe de esos gastos es bastante elevado. Por esta razón he rectificado el error y en el Registro me han informado de que puedo presentar de nuevo los libros rectificados fuera de plazo, pero mi duda es si por hacerlo voy a tener que pagar algún tipo de sanción. También me gustaría saber si aunque no tenga los libros rectificados registrados puedo hacer el impuesto de sociedades y el deposito de cuentas en el plazo legal. Muchas gracias