En principio rectificar es de sabios, cualquier rectificación que hagas, si la documentas y la acreditas, ningún problema. En este caso, en la ficha de amortización del bien en cuestión haz constar el cambio de cuentas y ya está.
En cuanto a la amortización debo puntualizar una cosa, lo que no vale es amortizar dos anualidades en una porque el año anterior olvidaste amortizar. En todo caso la amortización del 2011 debe constar en ese año, lo que dicen las normas que debes hacer es contabilizar como gastos del año anterior, rectificar las declaraciones de impuestos que correspondan y en el 2012 hacer la amortización que le toca al 2012.
Es obvio que eso no vale la pena hacerlo por una amortización, que intuyo que además no será de un importe relevante. Modifica la ficha de amortización del bien en cuestión para correr la amortización un año, y anota en la misma ficha que el primer año (2011) no lo amortizas porque al ser el año de su adquisición no se le consideró ninguna depreciación al bien. Como es una anotación contable que te perjudica, la Agencia Tributaria no dirá nada.
Te recuerdo que debes tener una ficha de amortización por cada bien que conste en el inmovilizado, estas fichas deben estar actualizadas y deben cuadrar con las amortizaciones que se apliquen contablemente. Es uno de los libros auxiliares que son de obligado cumplimiento, aunque no hay que legalizarlo. Este requisito lo pasamos por alto muchas veces los contables, y la no existencia de las fichas puede dar más de un disgusto si hay una comprobación tributaria.
Espero haber aclarado tus dudas. A tu disposición. No olvides valorar la respuesta.