El asunto está muy claro. Para poder emitir facturas sin IVA, debe estar dada de alta la empresa como operador intracomunitario. A efectos de comercio, Gran Bretaña sí forma parte de la CE, lo que no forma parte es del Euro, pero eso no es lo que estamos viendo ahora.
Si no está dado de alta en este censo, no puede emitir facturas sin IVA. Y si las ha emitido, la manera de subsanarlo es rehacerlas con IVA y pagar ese IVA, con su recargo, a la Agencia Tributaria, no hay otra. En Hacienda eso de las altas con carácter retroactivo ya hace muchos años que se solucionó, es preceptivo siempre el alta primero, no vale hacer las altas a posteriori.
Yo, de ser ella, lo que haría sería cursar el alta y no decir nada de las operaciones anteriores. Si es la Agencia Tributaria la que lo descubre y la sancionan, pues mira, por no haber hecho las cosas bien. Si lo hace de motu propio, deberá ingresar el IVA (que los ingleses no querrán pagar) y el 50% del IVA en concepto de sanción, y tampoco es eso.
No se puede ir por la vida como si las cosas no fueran contigo, uno debe conocer donde se mete y qué necesita para ello. Y si te metes sin saber dónde vas, pues eso, por no saberlo pagas la sanción.