Yo creo que ya contesté una pregunta similar. A ver, no es posible compensar cuentas de activo con cuentas de pasivo, eso está terminantemente prohibido por los códigos contables de aplicación en España, por lo tanto olvidate de hacer ninguna compensación de clientes contra reservas, ni nada similar.
La contabilidad es un reflejo de la documentación y la vida económica de la empresa. Todo asiento contable tiene que tener su respaldo documental, y al contrario, todo documento con trascendencia económica en la empresa tiene que tener su correspondiente asiento realizado. Esto es una norma absoluta, no hay excepciones, y si las hubiere no es ajustado a derecho.
Dicho todo lo anterior, analicemos el problema. Tienes unos saldos elevados en cuentas de clientes que sabes a ciencia cierta que no son reales. Eso significa que desde la fecha de emisión de las facturas que generaron esos saldo y la fecha actual hay, en un momento determinado, algún movimiento económico que no se reseñó contablemente. Porque si tienes esos saldos que no son reales, es por dos causas: o bien el cliente pagó en su momento y no se registró, o bien el cliente no pagó y es un saldo incobrable.
La primera de las posibilidades abre un abanico de causas curioso: si pagó y no se reflejó el movimiento en tesorería, la tesorería descuadra o alguien se quedó el dinero indebidamente. O pagó devolviendo mercancía, y entonces no cuadra el inventario de existencias, y no se emitió el abono correspondiente.
En definitiva, debes averiguar qué asiento es el que falta, por qué el saldo de los clientes en cuestión no reflejan el saldo real de la cuenta, y a partir de saber qué falló, puedes ver de realizar los asientos oportunos para solucionar el problema. Pero sin saber qué pasó y por qué no se reflejó contablemente lo que pasó, es imposible solucionar el problema.
Así que te animo a investigar el tema y averiguar lo sucedido. Y en el resultado de la investigación tendrás el movimiento a realizar en la contabilidad.