Lo que tienes es un lío tremendo!
A ver, no se pueden realizar ingresos particulares en cuentas de una sociedad. Te pongo un ejemplo, yo tengo que cobrar un dinero y doy tu cuenta, porque me caes bien y confío en ti. Tú cobras ese dinero por mi en tu cuenta y luego me lo das, sin contraprestación ninguna. ¿Tú te lo creerías? Ya te digo yo que la Agencia Tributaria no se lo va a creer ni de coña... y más si se trata de ingresos del gerente, del administrador o del socio de la empresa. En estos casos siempre se van a considerar operaciones vinculadas, y la Agencia Tributaria va a aplicar el criterio fiscal que más le beneficie a ella, y corresponderá a los contribuyentes demostrar que no es así. Y os puede costar un disgusto.
Si no hay una razón muy poderosa para hacerlo así, lo mejor es que cada uno maneje sus ingresos y sus gastos, y no se crucen cosas de la persona física en las cuentas de la empresa y viceversa, eso crea un problema fiscal que tarde o temprano va a costar dinero, seguro.
En caso de que no tengas más remedio que hacerlo así, lo único que puedes hacer es considerar esa cuenta como una cuenta de crédito con tu jefe, y generar intereses por ello, y declararlos con la retención correspondiente. No hay otra.
Pero lo mejor es evitar estas prácticas. De todas todas.