Para resumir y facilitar todo, te comento mi forma de actuar ante casos como el tuyo, luego tú opta por hacerlo como mejor te convenga o te parezca, cuando hago una declaración sustitutiva por haber ingresado de más, sino sería complementaria cuando es a favor de la AEAT, los pasos que sigo son los siguientes:
En primer lugar presentar los modelos correctamente marcando la casilla de declaración sustitutiva.
Una vez presentados y con la firma electrónica o sello de hacienda les hago una copia.
Presento un escrito ante la Agencia Tributaria solicitando la devolución de los importes ingresados de más en el número de cuenta del titular del derecho, en dicho escrito les comento el error que ha habido y porque se procede a presentar las declaraciones sustitutivas.
Una vez realizados estos trámites ya queda solucionado el problema, en casos como el tuyo la diferencia de más que me habías comentado que la querías dejar para compensar, pues yo como el procedimiento que sigo no es ése porque no me parece el más adecuado tampoco te puedo ofrecer más ayuda sobre el tema.
Por todo ello espero que te haya quedado claro.