Dudas sobre el importe de cuentas cuando el saldo no coincide con el de un proveedor

El saldo correcto es el que va ha declarar tu proveedor. Al parecer existe una factura que él emitió y tú por lo que sea no has contabilizado en el ejercicio y lo piensas hacer en 2006.
Lo correcto sería que rectificaras el IVA (300 y 390) y presentaras el 347 con perfecta coincidencia.
No obstante, esto no debe ocurrir, pero ocurre, y sobre todo cuando ya tienes un ejercicio contablemente cerrado (imagina que te das cuenta en julio cuando ya has presentado hasta la cuentas anuales, ¿qué haces modificas los libros y las cuentas?).
Las consecuencias, cuando se produce el "cruce" que Hacienda hace con el "347" y detecta diferencias o no concordancia entre dos declarantes. Puede ser una carta requiriendo la explicación (piensa que a tu proveedor el IVA sí le cuadrará al igual que a ti).
Lo que se produce es un desfase en cuanto al devengo de una factura y su fecha de declaración.
En la que presentes (347 de 2006) en 2007 se produce el efecto contrario, tampoco podréis declarar la misma cantidad, puesto que tú ahora incluyes la factura extraviada.
Puede dar lugar a sanción (aunque apenas se conocen por esta incidencia salvo por cantidades proporcionalmente importantes con respecto al volumen de operaciones total, es estos casos incluso podría derivar en una inspección), pero generalmente atendiendo el requerimiento y dando la explicación debida suele ser suficiente.
Pero insisto que el procedimiento correcto conforme a la normativa sería modificar el IVA y por tanto presentar correctamente el "347"

Muchas gracias por tu atención, entiendo por tanto que yo en mi 347 tengo que indicar la cantidad que me sale en la contabilidad, teniendo en cuenta dónde está la diferencia con mi proveedor(por si hacienda me pregunta)
Estoy de acuerdo contigo en que lo ideal es hacer correctamente el iva, pero ya lo he presentado, ¿se puede hacer una declaración complementaria y presentarla ahora para poder hacer correctamente el 347?.
Gracias