Reinversión vivienda habitual o no renta 2007

Tengo un caso de renta un poco complicado haber si alguien me puede ayudar. El caso es el siguiente, matrimonio que en el año 2002 empiezan la construcción de vivienda, piden prorroga ha hacienda puesto que todavía no la tenían del todo acabada y proceden a deducirse cantidades por construcción de vivienda y habitual y en el año 2006 la acaban y se deducen por adquisición de vivienda, puesto que a medida que iban construyendo iban pidiendo hipoteca al banco. Total que esta vivienda la acabaron en el 2006 y en el ejercicio 2007 la venden y se compran un piso.
Puesto que no han pasado tres no tienen derecho a deducción entiendo yo, ¿voy bien?, ¿Qué tendría que hacer para devolver estas deducciones?, ¿Hacer complementarias de todos los ejercicios anteriores en los que han hecho uso de la deducción?. Con lo cual tienen de devolver todas las deducciones pertinentes y tributar por la ganancia de la venta.
Ademas, ¿a la venta de dicha vivienda se le puede restar el principal pendiente de la hipoteca a la fecha de venta en el 2007?. Es que ellos me dicen que no se puede restar la hipoteca que tenían pendiente en la fecha de venta, pero si la cancelaron en el mismo momento de la venta, no entiendo porque no lo pueden hacer ya que con el dinero de la venta de la casa, también cancelaron la hipoteca, ¿voy bien?, o a lo mejor es por el tema de construcción, ¿por qué se habían deducido cantidades por construcción?, es que no entiendo.
Al finalizar la obra en 2006, hicieron una escritura de obra nueva, ¿en la cual consta la edificación valorada en 240.000?. Este es el valor que se tiene de coger a efectos de la venta de dicha casa, ¿no?, ¿Voy bien?. ¿Aunque la casa en realidad les costo 300.000? (Contando con facturas y demás)
Os agradezco vuestra ayuda, estoy hecha un lio con todo esto.