Declarar obras de mejora en domicilio habitual

Como este foro es una maravilla y ya hemos encontrado cosas muy útiles, a lo mejor también nos puede ayudar alguien con el tema siguiente:
En la declaración 2010 (modelo 100 - individual) no sabemos si incluir o no lo que hemos pagado por hacer unas obras en casa. Hemos cambiado 2 ventanas y reformado la cocina que se caía a cachos pero quien aparece en los pagos y en los presupuestos no tiene ingresos salvo alguna rentilla muy pequeña, así que en la declaración no le sirve desgravar. Lo que pasa es que en los próximos años podría tener una pequeña herencia y yo creo que puede interesar que declare ahora el gasto en obras porque quedaría algo por desgravar.
Los presupuestos y la factura de la empresa de obras en unos casos tienen firma y sello y otros solo una firma pero todos van con IVA, membrete y CIF. Al pedirles todo legal y con IVA la empresa de obras puso algunas pegas y decía que si era para declarar a Hacienda iba a necesitar un permiso de obras que costaba tal y tal; sin embargo el ayuntamiento tiene un portal en donde indicas la obra que vas a hacer y te dice si necesitas algún permiso y esta obra salía sin necesidad de permiso. Durante las obras hubo un incidente en que la empresa dio indicio de no ser del todo legal, pero como el trabajo estaba a medias pues se terminó sin más.
La pregunta es sobre si se declara el gasto ¿qué pasa si la empresa no era tan legal como decía? ¿Puede pretender que no ha hecho la obra? ¿Puede haber problemas con Hacienda por el supuesto permiso de obras? O sea, si vale la pena declarar las obras para posible desgravación en los próximos 4 años o hay riesgo de complicaciones que no compense (todas las cantidades son bastante modestas pero importantes para nosotros).