Cobro injusto de impuesto de sucesiones

La Agencia Tributaria quiere cobrarme, ahora que han pasado 5 años de la muerte de mi padre, un Impuesto de Sucesiones del 99% en vez del 1% que corresponde a la comunidad de La Rioja, donde vivió y murió mi padre.

Sucede que mi padre murió empadronado en otra comunidad (se empadrono en otra comunidad 2 meses antes de morir). Para aplicar el 1% en vez del 99%, la Agencia Tributaria me pidió un justificante de empadronamiento de mi padre en La Rioja de los últimos 5 años anteriores a su muerte. Yo tenia este justificante de empadronamiento, pero al estar viviendo fuera de España y no haber cambiado mi domicilio fiscal, solo el de empadronamiento (me di de alta en el consulado del país donde fije mi residencia), la Agencia Tributaria me notificó de que debía entregar este documento en 2011 y yo no recibí tal notificación. Al estar viviendo fuera de La Rioja, tampoco miraba el Boletín Oficial de La Rioja, y no me he enterado hasta que he regresado a España esta Navidad de 2012 de que la Agencia quiere cobrarme una cantidad astronómica para pagar ese 99%.

He presentado un recurso de reposición basado en el Articula 167 de La Ley General Tributaria diciendo que "... Constando un domicilio conocido (a través de mi padrón) no procede la notificación de la Liquidación Tributaria mediante Edictos tal y como ha sucedido en el presente caso".

La Agencia Tributaria dice que lo que les vale a ellos es el domicilio fiscal y no el padrón. Sin embargo, para cobrarme el 99% por el Impuesto de Sucesiones, la Agencia sí se basa en el padrón de mi padre, diciendo que el 1% no se puede aplicar en mi caso porque mi padre estaba empadronado en otra comunidad cuando murió. A pesar de que el domicilio fiscal de mi padre siempre estuvo en La Rioja. No lo entiendo, para notificarme a la Agencia Tributaria no le vale mi padrón, pero para cobrarme este impuesto sí les vale el padrón de mi padre.

Tengo el justificante de empadronamiento de mi padre en La Rioja que la Agencia me solicitó, pero la Agencia ya no lo acepta. Si me rechazan mi recurso, ¿qué debo hacer? ¿Debo de pagar por algo que objetivamente no me corresponde pagar? No se que pasos dar o a que organismo recurrir.