Fiscalidad de un vehículo

Muchas gracias de antemano por vuestra ayuda y enhorabuena por este gran foro donde se resuelven muchas dudas.
Expongo mi caso: (Intentaré ser breve)
Soy autónomo en estimación objetiva, hasta Julio de 2008 solo disponía de una furgoneta afecta a la actividad, en ese mes entregué a cambio en el concesionario un vehículo que tenia para uso particular para comprarme un todoterreno el cual he afectado a la empresa ya que este vehículo me va mejor que la furgoneta por la orografía en donde desarrollo la actividad de fontanería ya que a veces me he quedado tirado con la furgoneta acudiendo a alguna reparación, bien por ser vías sin asfaltar o bien por inclemencias meteorológicas, lo he afectado al 100% en la actividad ya que dispongo de otro vehículo no afecto que uso para fines particulares.
Ahora llega el requerimiento de Hacienda, quien me pide factura con IVA de la entrega del vehículo usado, le indico que tengo factura de venta SIN IVA ya que lo vendí como particular pues no estaba afecto a la actividad y ese dinero lo destiné para darlo de entrada para el nuevo, hacienda me dice que tenia que haberla hecho con IVA, cosa que no entiendo pues no lo vendo como empresario y la cantidad percibida por la venta la declaro en la Anual de Renta (vamos que intento ser honrado)
También me dicen que entonces ahora tengo que afectar la furgoneta y el todoterreno a la actividad, les digo que la furgoneta para lo que me dan la prefiero tener parada y no utilizarla y el todoterreno usarlo íntegramente para el trabajo, a lo que me responden que entonces la furgoneta la tengo que vender (creo que eso lo tendría que decidir yo que soy el propietario ¿no?)
He tenido un fallo y es que al comenzar este ejercicio he afectado los CVF de la furgoneta y no del todoterreno (la costumbre de la anterior) como puedo hacerlo para compensarlo o rectificarlo.
Lo dicho espero no haberme alargado mucho y haber dejado clara mi duda ya que no consigo que nadie me la aclare. Haber si un experto del foro me puede echar un cable se lo agradecería 1000 una veces.
P.D. La afectación al 100% del vehículo hay una sentencia del TSJC 905/2007 indicando que el contribuyente demuestra por la contabilidad que la afectación es al 100% y es Hacienda la que esta obligada a demostrar lo contrario y no solo con conjeturas.
Saludos y quedo impaciente de vuestras respuestas