¿Cobrar reparación en vez de arreglar coche?

Efectivamente, tiene Ud. razón, y se le puede indemnizar por la base imponible de la reparación. Para ello, su compañía debe remitirle un finiquito, que deberá Ud. devolver firmado junto con una fotocopia de su DNI. Dicho importe corresponde al valor de los daños peritados menos el IVA, como bien indica.
      Entre compañías, aceptamos igualmente un finiquito o una factura. Ahora bien, no me consta que exista ninguna obligación legal por parte de las aseguradoras de facilitar esta opción. Personalmente, cuando mis asegurados dudan sobre si reparar o no, debido a la poca consideración de los daños, les ofrezco esta alternativa. En muchos casos, es más por la molestia de prescindir del coche los días que dura la reparación, y con esta opción, se perita en una mañana y se indemniza sin necesidad de reparar. Por poco que sea, a todos nos viene bien un dinerillo extra, y más cuando hay una compañía (la responsable) dispuesta a reembolsarlo.
      Posiblemente todo se deba a una información incorrecta que le han dado, previsiblemente por parte de un operador de atención al cliente o de siniestros. Solicite hablar directamente con su tramitador, o acuda a su corredor/mediador, y casi con total seguridad no le pondrán impedimento alguno.