Si somos estrictos con la ley cambiaría, un pagaré no a la orden no se puede endosar. Por lo que si viene a nombre de otra empresa no te lo podrían endosar a ti (ni viceversa).
La manera correcta sería que cambiaran el documento y lo hicieran a tu nombre o al portador. Si no pueden deberían cobrarlo ellos (esperando al vencimiento o descontándolo) y entregarte a ti el dinero. Si ellos no pueden descontarlo es cuando tenéis un problema, ya que técnicamente no podrían entregártelo.
En cuanto a los timbres es una especie de impuesto que hay que pagar por hacer el endoso. Los podéis pagar yendo a un estanco y comprando los timbres (una especie de sellos) o simplemente en el momento de cobrarlo por el banco, éste tiene la obligación de liquidar los timbres y pasarte el cargo.
Esto que te cuento es la manera correcta de hacerlo, pero yo ya he visto más de una vez que en algún banco permiten endosos de pagarés no a la orden e incluso que no liquidan timbres en un endoso. Si no lo hacen, peor para ellos, además de estar incumpliendo la ley también podrían tener un problema en caso de que el pagaré viniera de vuelta.