¿Afecta una baja laboral a la hora de hacer la renta?

Las prestaciones por Accidente Laboral y Enfermedad Común cotizan por IRPF. Lógicamente, cuando se está en estas situaciones se cotiza menos y como cuando se está de Accidente se cobra un 75% de la Base de Cotización y por Enfermedad un tramo de 20 días al 60% y el resto al 75%, es lógico lo que te ocurre, ya que el porcentaje que te deducen por IRPF permanece inalterable durante todo el año.
Si un año normal cotizas más, es lógico que te devuelvan esos 900 euros que dices.
Si el año pasado cotizaste menos, es lógico que te devuelvan menos. Tanto es así, que no sólo te devuelven menos, sino que te corresponde pagar un poquito.
De todas formas, si quieres asegurarte la devolución para próximos ejercicios, puedes comunicar a tu empresa que te deduzca un punto más de IRPF.