Liquidación duplicada por parte de hacienda

Mis padres fallecen en el año 1998 y 2000, respectivamente.
En el año 2001, los cuatro hijos del matrimonio efectuamos autoliquidación del impuesto de sucesiones y donaciones por un inmueble que consta de cuatro viviendas de 90 m2 cada una, valorándolas en 2.500.000 ptas cada una.
En el año 2004, hacienda nos realiza una valoración superior a la estimada (6.000.000 ptas cada una), y nos efectúa liquidación provisional del impuesto a cada hijo teniendo que pagar la diferencia del valor del impuesto (pagamos 400.000 ptas cada hijo).
En el año 2008 realizamos una escritura de adicción de herencia para adjudicar¼ parte de las viviendas a cada hijo ( en catastro figura cada vivienda a nombre de cada hijo), al mismo tiempo que se realiza escritura de compra-venta de una de las¼ partes a otra.
En la notaria nos informan que dicho acto esta exento de pago con hacienda por el hecho de llevar más de cinco años fallecidos lo causantes.
Dicha escritura de adicción se presenta en hacienda, donde insertan el sello de exento, y nos indican que hay que rellenar unos impresos de autoliquidación.
En el año 2009 hacienda nos pasa liquidación provisional en base al valor estimatorio por parte del organismo (20.000.000 ptas cada vivienda), por la que nos requiere el pago de 2.000.000 ptas a cada sujeto pasivo.
Se ha realizado recurso de alegaciones en el que se alega que no procede la liquidación porque se encuentra exenta por pago y prescrita por plazo, en base a la ley de sucesiones y donaciones.
En notaria nos informan que existe un error de omisión documental en dicha escritura, que había que haber incluido la liquidación de hacienda del año 2004 y las cartas de pago respectivas.
Estamos a al espera de resolución de hacienda
¿Hacienda tiene derecho a efectuar una segunda liquidación provisional (año 2008), si ya la hizo en su día ( año 2004), y el sujeto pasivo realizo el pago?
Si por ley dicha escritura se encuentra exenta de pago, ¿hacienda no ha cometido un error administrativo al realizar una duplicidad en la liquidación)
¿Habría qué realizar una rectificación de la escritura?
Si al presentar una nueva autoliquidación por parte de los sujetos pasivos, se ha iniciado el procedimiento de liquidación ¿Hacienda puede anular dicha liquidación por duplicidad en la misma?
La parte que ha vendido su¼ parte a la otra, también ha sido reclamado ¿Hacienda tiene derecho a efectuar dicha liquidación provisional?.