El tener penetración no conlleva de ninguna manera que tengan que dolerte los ovarios. Si te duelen, es por otra razón, como que vaya a venirte la regla (es decir, como síntoma premenstrual)... Los ovarios pueden doler por muchos motivos, incluido el psicológico, pero el dolor premenstrual es el mas frecuente (también, por ejemplo, en la infección de orina de las vías altas pueden doler los riñones, la vejiga, los uréteres e incluso los ovarios).
Si el dolor continua y tienes algún sangrado aunque no te vaya a venir la regla puedes acudir a tu ginecólogo para ver si tienes algún problema hormonal. De todos modos no te alarmes, lo mas probable es que no tenga ninguna importancia.
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