¿Pago en nómina de un plus por importe de 6000?

Puede hacerlo, en función del motivo de dicho plus.
Si este plus fuera por comisiones, podría ser. Si fuera por algún plus, que este regulado por convenio colectivo, y este estableciera su pago mensual y cuantía, la empresa habría incurrido en un fallo, no imputable al trabajador, por lo que este trabajador, si se viera perjudicado, en sus retenciones por IRPF, COTIZACIONES, a la seguridad social, etc.
Estaría en su derecho de solicitar a la empresa, una compensación, por daños, incluso de solicitar, que la empresa realice una cotización a la seguridad social, por los meses que no realizo, de forma correcta, tal cotización.
Pero a mi parecer, me parece excesivo, un plus, como tal, de esa cantidad, a últimos de mes, en mi opinión, le darán un palo con las retenciones sobre todo del IRPF, es más, puede que en su declaración de renta del año que viene, correspondiente a este año, le den un palo.
Si por alguna razón, la empresa ha cometido un error, en cuanto al pago de algún concepto salarial, y lo intenta subsanar a últimos de año, que puede suceder, el trabajador es ajeno a este error, por lo tanto, no tiene que verse perjudicado, en modo alguno.