Duda sobre cláusula de permanencia

Hace unos meses, conseguí un puesto de becario en una empresa a través de la bolsa de empleo de mi universidad. Estuve 5 meses trabajando de becario, con un salario mensual. Durante ese tiempo, sólo me dediqué a formarme en una herramienta (con la que estoy trabajando actualmente); la formación consistía en pasarme unos manuales para que me los leyera y los resumiera, y de vez en cuando hacía algún ejercicio. Pero los manuales estaban hechos por gente de la empresa, y no recibí ningún curso oficial, sino que en teoría ellos mismos me iban haciendo un seguimiento.
Después de ese periodo de 5 meses, firmé un contrato de obra y servicio, en el que se incluía una cláusula de permanencia. Durante este tiempo, sólo he asistido a un curso al cuál asistieron todos mis compañeros. Este curso de 3 días fue fuera del horario laboral, y servía de preparación para un examen al que a mí no me iba a presentar la empresa (es más, creo que ni me inscribieron en el curso, porque no recibí ni siquiera acreditación como el resto de mis compañeros).
Ahora quiero dejar el trabajo, pero me exigen pagar 2 meses de sueldo.
Así que el caso es que mientras estuve formándome de becario, invirtieron en mi formación porque me estaban pagando un sueldo; pero en realidad no me dieron ningún curso ni nada de eso, y yo deduzco que el sueldo no se contempla como inversión en formación (ya que no pagaron ninguna formación, sino que me pagaron a mí por formarme).
¿Debo pagarles la indemnización?