¿Cómo se rellena el certificado de empresa?

En principio podría ser correcto, sin ver personalmente la documentación poco más puedo decirte, pero aquí la empresa certifica tu base de cotización, esto podrás comprobarlo con tus nóminas, en todas ellas aparece la base de cotización y pueden confirmar que se ajustan al certificado, así verías si está correcto.
La base de cotización se calcula según la normativa de seguridad social en la materia, es un poco largo para explicarlo aquí, pero resumiendo la base comprende los conceptos salariales mensuales más el prorrateo de los conceptos salariales de vencimiento superior al mes (pagas extras,...).
El INEM comprobará estas cantidades y sobre ellas tomará la base reguladora para el cálculo de la prestación de desempleo. Si dudas de que estén correctas busca ayuda profesional antes de solicitar la prestación.

Lo malo es que desde febrero ni nos pagan ni hay nominas.
No se por qué algunos meses los ponen de 30 días y otros a 31. Por ejemplo mayolo pone de 30, cuando tiene 31 y febrero lo pone de 30 cuando tiene 28, y sin embargo enero y diciembre sí lo pone de 31. Y lo de las cantidades pensaba que tendrían que ser proporcionales, es decir, si en un mes de 30 días la base es 1481.05, el de 16 es proporcional (1481.05/30*16=789.90) pero el mes de marzo que también son 16 días no se de donde sale.