¿Pueden denegar exceso de horas?

Curioso lo que comentas de los convenios en tu empresa y que no entiendo salvo que se trate de dos centros de trabajo diferentes (uno en Barcelona y otro en Toledo).
Bueno en cualquier caso y yendo directamente a lo que comentas en primer lugar, y si el Convenio que se está aplicando es el correcto, el número de horas de jornada máxima anual en el art. 22 de dicho convenio es de 1787 horas para 2009 y tal y como dices el tiempo de bocadillo se considerá como tiempo efectivo de trabajo y por tanto entiendo que se ha de computar a efectos de la jornada máxima tal y como dices. La categoría profesional depende de las funciones que realices y donde se encuadren las mismas en el convenio que te sea de aplicación. Así pues tendrías que revisar el art. 16 del Convenio Colectivo de Comercio de Toledo y ver donde estarían encuadradas las funciones que realizas. Si no estás bien encuadrada sería necesario pedir la reclasificación profesional, por el procedimiento especial que establece la Ley de Procedimiento Laboral en su art. 137 y en el que es necesario que aportes informe del Comité de Empresa o de los delegados de personal de la empresa, si existen.
En cuanto a la reducción de jornada tienes derecho a la misma en las condiciones que establece el art.37.5 y .6 del Estatuto de los Trabajadores y por tanto podrías solicitar una reducción de jornada de una hora. En cuanto al momento de solicitarla pues en cualquier momento tras el parto y si bien el Estatuto de los Trabajadores no marca un plazo para comunicarlo, lo lógico es que se solicite con cierta antelación (por ejemplo 15 días) para permitir a la empresa que adopte las medidas organizativas necesarias para adaptarse al cambio solicitado. Lo que si marca el Estatuto de los Trabajadores es el plazo de preaviso para reincorporarte a tu horario sin reducción, que sería de 15 días. Finalmente es el trabajador el que fija el horario de reducción que desea disfrutar y la empresa sólo puede denegar el mismo en casos excepcionales.