¿Convertirme en franquiciado es compatible con un trabajo en una empresa?

Todo depende de como se realice el cambio. La Franquicia no es más que un nombre comercial pero detrás del nombre comercial suele haber o un autónomo o una sociedad mercantil. En este caso, para adquirir la franquicia deberían tener en cuenta:
a) La existencia de un contrato de franquicia entre a) un autónomo o b) una sociedad mercantil (o de otro tipo, civil, ...). Esto implica que el contrato es vinculante única y exclusivamente con esa sociedad ya que no es posible la subrogación de ese contrato existente salvo acuerdo expreso de todas las partes.
b) El adquirir una franquicia no es fácil. Deben saber que es lo que están pagando. Si hay un traspaso de sociedad, si en el fondo sólo le está cobrando lo que ha pagado por cánones de formación y local. Habría que estudiar muy bien la operación para ver exactamente que están pagando y cuales son los conceptos transferidos.
c) Importante. Estudiar los motivos que llevan a la empresa a traspasar la franquicia, imagino que la rentabilidad puede estar en entredicho. Así mismo, el sistema de franquicia funciona cuando franquiciador y franquiciado van de la mano, eso implica adquirir un know how de la matriz, etc..., en este caso, para que esa relación funcione ya que nos están vendiendo un sistema probado es necesario que exista una relación basada en el apoyo de la matriz y el pago de unos cánones y royalties. En este caso, tendrían que ver como quedaría esa relación.
d) Son vds., dos socios más un empleado. Estudien muy bien los márgenes de rentabilidad o pueden tener sorpresas y no ser una inversión rentable a corto / medio plazo. En este caso tendrán que ver si la empresa puede ser rentable para que pueda mantener a todas las personas que viven o van a vivir del negocio.
La política de socio capitalista de una franquicia, salvo que sea de solvencia muy contrastada y que se auguren (no por los planes de la franquicia sino por los estudios de viabilidad propios) unos números estratosféricos de empresa gacela o similar, no es una buena inversión, a parte de no generar beneficios acaba generando tensiones con los socios que trabajan porque estos cobran su sueldo y el capitalista suele pasar muchos años sin percibir retorno alguno de la inversión.
Respecto a su pregunta, disculpe que me haya entretenido tanto en tratar de disuadirle, deberán constituir una sociedad y en este caso, deberá ser su socio el que figure como administrador de la misma, siendo por ello el único que vendrá obligado a darse de alta en el régimen de autónomos, en calidad de administrador.
De todos modos, el movimiento que plantean es, salvo que existan grandes conocimientos del mundo de la empresa, los negocios y las fianzas, una operación con un elevado nivel de riesgo.