¿Qué debo cobrar estando de baja?

Hola: el 10 de abril esperé a acabar mi jornada laboral para ir a urgencias y me dejaron ingresada por neumonía y desprendimiento de liquido pleural. He estado 12 días ingresada y sigo de baja. A la hora de cobrar la nómina he cobrado casi 50€ menos. Me habían dicho que si estabas ingresada no te quitaban dinero. Pero cuando he llamado para preguntar me comentan que depende de los convenios (el mío es el de procuradores) y que aparte de quitarme eso, cuando cobre la extra también cobraré menos.

¿Es esto así? Y si la mutualidad del trabajo le paga a la empresa por mi, que son los que me mantienen de baja, no debería cobrar todo?

Añadir que trabajo 5 horas. Gracias y un saludo,