Ser autónomo y trabajar para una empresa

mi pareja tiene una papelería donde yo trabajo, esta dado de alta como autónomo, como la cosa esta muy mal quiere buscar trabajo, le pueden contratar una empresa y darle de alta en la seguridad social aunque siga dado de alta en autónomos?

También estamos pensando en darme de alta yo en autónomos y seguir con la papelería y el que se de de baja que me aconsejáis.?