Gestión de una empresa con autónomos con nomina

Hola,
Mi pregunta es:
Una empresa de dos socios, que son autónomos, y que se imputan una nómina todos los meses, ¿qué obligaciones tienen con hacienda y con la SS?
Entiendo que como autónomos trimestralmente presentar el 130 y el 300 y anualmente el 390 y la declaración de la renta.
Como asalariados deducirse e ingresar mensualmente el IRPF y las cuotas a la SS y hacer la declaración ordinaria al año siguiente, y como empresa llevar los libros de gastos e ingresos y contable.
¿Me dejo algo?
¿Deben de considerarse cláusulas especiales por el hecho de ser socios administradores de la empresa, autónomos y a la vez asalariados?. Hablamos de una empresa con muy poca facturación anual (unos 20000 euros).
Saludos
Xavier Gómez